Согласно Договору о ЕАЭС, высшие органы финансового контроля стран-членов ЕАЭС в рамках совместных мероприятий ежегодно проверяют соблюдение странами Союза положений Протокола о порядке зачисления и распределения сумм ввозных таможенных пошлин (иных пошлин, налогов и сборов, имеющих эквивалентное действие), их перечисления в доход бюджетов государств-членов ЕАЭС.

Подготовленное соглашение будет и определять порядок организации, порядок оформления проверок, её результаты, механизм устранения выявленных нарушений и реализации предложений высших органов финансового контроля.

Предполагается, что правительства стран ЕАЭС в течение 10 рабочих дней с даты получения сводного отчёта о результатах проверки должно направить его для исполнения в госорганы своей страны, которым на устранение всех нарушение дано три месяца.

Согласно этому документу, если же члены ЕАЭС вовремя не перечислят ввозные таможенных пошлины, то государства-члены обязаны заплатить проценты за просрочку. Кроме того, к нарушителям применяются меры ответственности, установленные законодательством государства-члена, на территории которого такие нарушения выявлены.