"Распоряжением Главы государства Аканов Айкан Аканович освобождён от должности ректора Казахского национального медицинского университета имени С.Д. Асфендиярова", – сказано в опубликованном Акордой документе.

С 2004 по 2006 годы занимал пост первого вице-министра здравоохранения РК. 

Возглавлял КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова с апреля 2008 года.

В 2001 году Айкан Аканов удостоен звания "Заслуженный Деятель Республики Казахстан".

В 2010 году Айкану Аканову присвоили звание "Заслуженный деятель культуры".